证监会表示，獐子岛公司每月虾夷扇贝成本结转的依据为当月捕捞区域，在无逐日采捕区域记录可以核验的情况下，证监会借助卫星定位数据，对公司27条采捕船只数百余万条海上航行定位数据进行分析，委托两家第三方专业机构运用计算机技术还原了采捕船只的真实航行轨迹，复原了公司最近两年真实的采捕海域，进而确定实际采捕面积，并据此认定獐子岛公司成本、营业外支出、利润等存在虚假。随着大数据、云计算等技术的广泛应用，证监会稽查执法工作将更加智慧、更加高效、更加精准，证券市场违法违规行为必将无处遁形。
一直以来，獐子岛扇贝的死亡原因都是外界关注的焦点。延期回复年报问询函一周之后，獐子岛于6月11日晚间回复深交所问询。獐子岛称，调查结果显示扇贝死亡和海水温度、养殖密度等相关。在公司资产负债率达98.01%的情况下，獐子岛认为其财务风险可控，“并不影响公司正常的生产经营”。
截至2019年年底，獐子岛的净资产仅为166.82万元，而无论是净资产为负还是年报审计被否，都可能导致其被出具退市风险警示。但针对会计师事务所是否存在逃避审计责任、协助獐子岛规避被实施退市风险警示的质疑，獐子岛年审会计师在回复函中明确否认。
同时，年审会计师也并不认可证监会做出的成本结算方面涉嫌财务虚假记载的认定，“坚持认为该处理方式更符合公司的实际情况”。不过年审会计师认为，獐子岛对消耗性生物资产的管控存在重大缺陷。
